宍道湖・中海は、日本でも有数の汽水域（海水と淡水がいり混ざった水域）で、2005年にはラムサール条約に登録され、水鳥や魚類の生息地として貴重な湖です。しかし、これまでの対策では水質はなかなか良くなっていません。そこで、この担当では、水質が汚れないような川や湖の管理のやり方を研究しています。さらに、藻場（もば）や魚や鳥などのはたらきも含む生態系（せいたいけい）のしくみを考えて、どうしたら水質がもっとよくなるかについて、国や大学などと共同で研究しています。