宍道湖・中海が汚れてきた原因の一つは、人口の集中化や生活様式の変化、産業活動の発展などにより、両湖に流入する汚濁物質の量が増加したことにあると考えられます。
湖沼の水質汚濁の原因となる汚れの発生源は、大きく分けて「生活系」、「産業系」、「農畜産系」、「自然系」に分類できます。
「生活系」とは、家庭からの生活排水など、「産業系」とは、工場や事業場からの排水など、「農畜産系」とは、田畑や家畜からの排水など、「自然系」とは降雨に伴う市街地や山林からの出水などが該当します。
湖沼の水質を保全するためには、こうした各系統から流入してくる汚濁負荷量を削減することが重要な対策となります。
また、こうした流域からの汚濁負荷のほか、湖底に堆積している底泥から溶け出す汚濁物質も水質汚濁の原因となっています。

宍道湖（平成10年度推計：第三期湖沼水質保全計画現況年）

中海（島根、鳥取）（平成10年度推計：第三期湖沼水質保全計画現況年）