一方、同法で一類(エボラ出血熱など)、二類感染症(ジフテリアなど)及び新型インフルエンザ等に分類される感染症は、感染力や重症度を勘案して、入院の措置等が取られることとなります。なお、入院も行政からの一方的な措置でなく、感染症診査協議会(医師、弁護士、人権擁護委員などで構成されています。)で入院の必要性等について審査していただくこととなっています(下記のフロー図を参考にしてください。)。