２．海区漁業調整委員会の機能と役割
1）漁業権の免許に際し、知事に意見を述べる（諮問と答申）
漁場計画の作成、漁業権の免許など漁業権に関する事については知事が権限を持っています。しかし、知事がこれらの免許に関する事案について判断する場合、海区漁業調整委員会の意見を聞くこととなっており（諮問）、海区漁業調整委員会では、これに対して意見を述べるようになっています（答申）。
また、行政庁からの諮問に対して答申するだけでなく、委員会みずからが漁場計画を作成し、行政庁に建議することもできます。
2）県漁業調整規則の制定・改廃について意見を述べる
漁業調整規則は、県ごとに水産資源の保護培養、漁業取り締まり、その他漁業調整を図り、あわせて漁業秩序の確立を期することを目的として定められています。漁業調整規則の制定・改廃に際しては利害関係者の意見ないし民意を反映させるため、関係海区漁業調整委員会の意見を聞かなければなりません。
3）海区漁業調整委員会指示の発動
漁業調整のため、必要があれば関係者に対し、水産動植物の採捕に関する制限、禁止、漁業者の数の制限、漁場の使用に関する制限その他必要な指示を発動することが出来ます。（海区漁業調整委員会指示の発動）